ภาควิชาจุลชีววิทยาเริ่มจัดตั้งเมื่อปี พ.ศ. 2521 เริ่มที่จัดตั้งขึ้นมาเพื่อให้บริการทางการเรียนการสอนแก่นักศึกษาคณะต่างๆ ในส่วนที่เกี่ยวข้องกับจุลชีววิทยา โดยเน้นจุลชีววิทยาพื้นฐานและการแพทย์ จวบจนในปี พ.ศ. 2532 ภาควิชาได้เปิดสอนในระดับปริญญาตรีหลักสูตรจุลชีววิทยา จากการสร้างสมดังกล่าว ภาควิชาจึงมีความพร้อมทั้งบุคลากรและอุปกรณ์การศึกษาปัจจุบันภาควิชาผลิตบัณฑิตจบไปทำงานทั้งในหน่วยงานภาครัฐและเอกชน หรือศึกษาต่อตามความประสงค์ โดยมีความก้าวหน้าในวิชาชีพอยู่ในระดับบริหาร และสำเร็จการศึกษาในระดับสูงขึ้น บัณฑิตที่จบการศึกษาหลักสูตรวิทยาศาสตร์ วิชาเอกจุลชีววิทยาเป็นผู้ที่มีความรู้และเข้าใจเป็นอย่างดีเกี่ยวกับทางจุลชีววิทยาทั้งในส่วนพื้นฐานและประยุกต์จึงมีความสามารถไปประกอบวิชาชีพในภาคเอกชน เช่น อุตสาหกรรมอาหารเครื่องดื่ม อุตสาหกรรมเกษตร เภสัชกรรม และเครื่องสำอาง หรือในส่วนของการเกษตรและการจัดการสิ่งแวดล้อมได้เป็นอย่างดี นอกจากนี้ยังสามารถทำงานในหน่วยงานภาครัฐที่เกี่ยวกับทางด้านจุลชีววิทยาเทคโนโลยีชีวภาพ และสิ่งแวดล้อม เป็นต้น สำหรับบัณฑิตที่ต้องการศึกษาต่อจะมีความพรัอมมากที่จะเลือกเรียนตามความถนัดด้วยศักยภาพที่สูงเนื่องจากหลักสูตรที่กล่าวมา บัณฑิตจึงสามารถศึกษาต่อได้ทั้งในมหาวิทยาลัยภายในประเทศและต่างประเทศ 

จนกระทั่งในปีการศึกษา 2539 และ 2546 ภาควิชาได้เปิดการเรียนการสอนในระดับปริญญาโท และปริญญาเอก (จุลชีววิทยา) โดยหลักสูตรเน้นให้มหาบัณฑิตและดุษฎีบัณฑิตที่จบการศึกษาสามารถรู้จักคิดวิเคราะห์ วางแผนการวิจัยทางด้านจุลชีววิทยา อณูชีววิทยาและเทคโนโลยีชีวภาพ เพื่อนำไปสู่การพัฒนาทางด้านการแพทย์ เกษตรกรรม อุตสาหกรรมเกษตร เทคโนโลยีชีวภาพ และสิ่งแวดล้อม โดยที่หัวข้อการวิจัยมุ่งเน้นช่วยแก้ไขปัญหาของชุมชน ท้องถิ่น และระดับประเทศก่อให้เกิดองค์ความรู้ใหม่ทางด้านวิทยาศาสตร์ชีวภาพ